Dự án được chia thành 4 dự án thành phần; trong đó, dự án thành phần 1 - các công trình trụ sở cơ quan quản lý nhà nước được Thủ tướng giao các cơ quan quản lý nhà nước liên quan (Hải quan, Công an, Công an cửa khẩu, Cảng vụ, Kiểm dịch y tế) bố trí nguồn vốn thực hiện. Trường hợp không có khả năng bố trí vốn, các cơ quan quản lý nhà nước lựa chọn nhà đầu tư theo hình thức PPP (hợp tác công tư).

Dự án thành phần 2 - các công trình phục vụ quản lý bay, chủ đầu tư được Thủ tướng giao cho Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam làm chủ đầu tư.

Dự án thành phần 3 - các công trình thiết yếu trong cảng, bao gồm: nhà ga hành khách, hạ tầng hàng không, hệ thống cấp nước, xử lý nước thải; nhà ga hàng hóa số 1, nhà để xe; hệ thống giao thông kết nối tuyến số 1 và số 2… sẽ do Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) làm chủ đầu tư.

Dự án thành phần 4 - các công trình khác thực hiện bởi các nhà đầu tư, chủ đầu tư do Bộ Giao thông Vận tải chủ trì lựa chọn.

Đáng lưu ý, theo Quyết định của Thủ tướng, các dự án thành phần 2, 3, 4 sẽ chỉ được sử dụng vốn của nhà đầu tư, không sử dụng bảo lãnh Chính phủ…